Puedes hacerlo de dos modos:
- Descomprimes el audio a WAV con el FFMPEG y después lo comprimes con el LAME.
- Descomprimes el Audio con FFMPEG y lo pasas por una "pipe" al LAME.
Shell.Execute(_SystemFolder.."\\cmd.exe", "open", "/C ffmpeg -i \""..origen.."\" -f wav - | lame.exe "..argumentos.." --ignore-tag-errors - \""..destino.."\"", _SourceFolder, SW_HIDE, true);
En el cual tienes que cambiar el origen, el destino y los argumentos del LAME.
También puedes convertir a WAV con la librería Bass.dll pero nunca lo he probado y no se cómo funciona, además de que te lo deja en WAV y tendrías que usar el LAME para ponerlo en MP3, está más limitado en cuanto a formatos de entrada.