Bueno hay varias formas ya sea:
Ini encriptado
Texto encriptado en ini
Ini comprimido en ZIP con contraseña
Pero te tengo que decir antes que ninguno es seguro al 100% ya que siempre puedes desempaquetar el programa y sacar la clave para desencriptar el fichero...
Hay varios ejemplos por el foro, sin ir más lejos pásate por este post:
http://www.amsspecialist.info/viewtopic.php?f=3&t=286
Ahí te puse un ejemplo de como poner para que pidiera contraseña y lo encriptara en un INI.